2004年12月20—21日，学会第六次会员代表大会在北京召开。原国土资源部党组成员副部长贠小苏到会祝贺并讲话。会议听取并审议通过了第五届理事会理事长张文驹所作的第五届理事工作报告；修改了学会章程，选举产生了第六届理事会。第六届理事会召开了第一次会议，选举产生了理事长、副理事长、常务理事、秘书长等，对学会办公室领导及《中国国土资源经济》编委会作了调整，讨论了学会第六届理事会工作要点和2005年工作安排。

2005年4月22日，学会在郑州召开了“全国地勘工作改革和发展研讨会”。

2005年5月，《中国国土资源经济》编辑部在山东省国土资源厅设立了山东工作站，由《山东国土资源》编辑部负责《中国国土资源经济》在山东省国土资源主管部门的发行与组稿工作。

2005年6月17—19日，学会在浙江省宁波市召开了学会工作会议。

2005年8月31日—9月1日，学会环境经济专业委员会在内蒙古呼和浩特市组织召开了换届选举大会，产生了新一届环境专业委员会领导机构。张卫东同志任主任委员，陈小宁同志任常务副主任委员，范宏喜同志任秘书长。

2005年9月，学会资源管理专业委员会、资源经济与规划专业委员会分别组织召开了换届大会，选举产生了新一届领导机构。张应红同志、付英同志任资源管理专业委员会常务副主任委员，苏迅同志任秘书长。潘文灿同志任资源经济与规划专业委员会主任委员，鞠建华同志任常务副主任委员，孟旭光同志任秘书长。

2005年9月21—22日，学会在四川省成都市召开了2005年学术年会。

2006年7月，学会办公室对5项国土资源部科技成果奖申报材料进行了全面审查，并按部成果办的要求及时上报国土资源部。其中3项成果荣获2006年国土资源科技成果二等奖。

2006年8月3日，学会批准中国地质大学（北京）人文经济管理学院经济教研室成为团体会员单位。

2006年8月6日，学会召开分支机构秘书长工作会议，总结交流各分支机构上半年工作，尤其是学习贯彻《决定》情况，对下半年工作提出了安排意见。

2006年10月21日，学会青年分会在陕西省西安市召开学术年会。

2007年4月24—25日，学会与原国土资源部地勘司在江西省南昌市联合举办了“全国地勘经济发展座谈会”。贠小苏理事长就“深入贯彻《决定》，加快地勘工作改革发展”作了重要讲话。

2007年7月25日，学会向国土资源科技成果评审委员会推荐了6个项目申报国土资源科技成果奖。

2007年8月18—21日，学会在新疆乌鲁木齐召开2007年学术年会。学术年会以“资源·环境·和谐社会”为主题，就地勘经济发展与和谐社会、资源管理与和谐社会、资源经济及规划与和谐社会、环境经济与和谐社会四个专题开展讨论。学术年会共收到学术论文155篇，共评出30篇优秀论文，其中：一等奖5篇，二等奖10篇，三等奖15篇。

2007年11月20日，学会批准了福建天宝集团入会的申请，并增补潘振禄为学会理事、常务理事。

2008年1月9日，学会在北京召开理事长工作会议，学会理事长贠小苏就“深入学习贯彻党的十七大精神，在新时期、新阶段充分发挥好学会的优势和作用”作了重要讲话。

2008年5月9—10日，学会在山东济南市召开“地勘经济改革发展研讨会”。本次研讨会对地勘经济发展达成三方面共识：一是地勘单位的发展要服务于、服从于区域地勘经济的发展；二是地勘单位要主动与地方政府沟通，与地方各部门建立和谐关系；三是要坚持走勘查开发一体化道路。

2008年8月30—31日，学会青年分会在宁夏银川市召开2008年学术年会。与会人员就地质工作形势与战略、地质工作管理体制与运行机制创新、地质工作支撑服务创新、地质工作规划部署思路与地质找矿机制创新、人才队伍激励机制等问题进行了交流并形成了一批重要研究成果。

2008年11月7—9日，学会环境经济专业委员会在贵阳市召开了以“落实科学发展观，保证地质环境安全，促进经济可持续发展”为主题的2008年学术年会。

2008年12月10日，学会青年分会组织专家对各会员单位、分支机构推荐的优秀中青年地矿经济研究人才进行了评选。贺冰清等10位同志获优秀中青年地矿经济研究人才金星奖，丁锋等16位同志获银星奖。

2009年2月26日，在民政部召开全国先进社会组织表彰暨社会组织深入学习实践科学发展观活动总结大会。学会被授予“全国先进社会组织”荣誉称号。