2000年10月26日，学会在北京召开第五次会员代表大会。寿嘉华副部长出席会议并作了“继往开来、任重道远”的讲话。大会选举产生了由132名理事组成的第五届理事会，张文驹同志任理事长，王希凯同志任常务副理事长，赵成功同志任副理事长兼秘书长、关凤峻等10位同志任副理事长。调整了《中国地质矿产经济》编委会，张文驹同志任编委会主任，王希凯同志任主编；调整了青年分会、地勘产业专业委员会、资源管理专业委员会的主要负责人；重新组建了学会办事机构，明确了学会秘书处挂靠中国国土资源经济研究院。

2000年12月18日，学会在广西桂林举办了地勘局长研讨班。研讨班期间，对地勘产业专业委员会负责人进行了调整，王希凯当选为主任委员会，同时通过了《地勘产业专业委员会工作条例》。

2001年3月27日，经原民政部批准，明确规定了学会的业务范围，即理论研究、学术交流、业务培训、书刊编辑、国际合作、咨询服务，为学会开展各项活动提供了法律保证。

2001年8月26—27日，学会资源管理专业委员会在北京召开了成立大会，并开展了首次学术交流会。仲伟志同志任主任委员。学会理事长张文驹就资源管理专业委员会研究的任务和方向作了重要讲话。

2001年9月16—18日，学会青年分会及资源经济专业委员会同时在北京召开了换届选举大会，潘文灿同志任资源经济专业委员会主任，吕国平同志任青年分会理事长。

2001年9月11日，学会批准中国地质工程集团公司为中国地质矿产经济学会团体会员。

2001年9月23—25日，学会在宁夏银川召开了中国地质矿产经济学会成立20周年庆祝大会暨2001年学术年会。会议期间召开了第五届理事会第二次会议，决定成立学会环境经济专业委员会。

2002年7月25—28日，学会在吉林省延吉市召开了第五届理事会第四次常务理事会，讨论通过了关于《优秀中、青年地矿经济研究人才和学会先进工作者评选办法》；同意对学会办公室负责人的调整。

2002年11月12日，学会在北京召开了理事长会议，评选优秀中青年地矿经济研究人才和学会先进工作者。张应红等7人获金星奖，夏卫平等15人获银星奖，齐亚彬等18位同志被评为学会先进工作者。

2002年11月26—28日，学会在北京召开了环境经济专业委员会成立暨学术交流大会。陈梦熊等6位院长应邀出席了会议。原国土资源部孙文盛部长、寿嘉华副部长发来了贺信。选举姜建军同志为主任委员，张卫东任常务副主任委员。

2003年4月10日，根据学会工作需要，五届四次常务理事会讨论，并经五届三次理事会同意，增补学会常务理事、副理事长。

2003年5月14日和6月13日，学会先后批准中国地质科学院岩溶地质研究所和江西省核工业地质局为会员单位。

2003年9月22—24日，学会在重庆召开了2003年年会暨《中国地质矿产经济》创刊20周年庆祝大会。原国土资源部叶冬松副部长作了书面讲话并对学会工作提出明确要求：要加强理论研究，理论联系实际；要牢固树立服务观念，发挥桥梁纽带作用；要与时俱进，开创学会工作新局面。

2003年10月，学会与原中国国土资源经济研究院联合，将张文驹从党的十四大到十六届三中全会前夕的部分论文汇编为《让资源经济研究与应用融入社会》论文集。11月1日，学会与经研院在北京共同举办了张文驹学术思想研讨会，参加研讨会的40余名专家、学者对张文驹的研究成果和学术思想给予充分肯定。

2003年，根据学会和经研院研究任务的变化，经学会申请，科技部和国家出版总署批准，会刊《中国地质矿产经济》更名为《中国国土资源经济》。原国土资源部部长孙文盛题写刊名。

2004年6月29日，学会完成了对各会员单位申报的国土资源科技成果奖项的评选工作，14项申奖项目上报至国土资源科技成果奖项目办公室。

2004年11月12日和12月1日，学会先后批准了中国地质大学（武汉）、成都地质矿产研究所、沈阳地质矿产研究所、南京地质矿产研究所、天津地质矿产研究所、西安地质矿产研究所等六个单位为中国地质矿产经济学会的会员单位。